http://www.allergology.co.il 
כיום משמש ד"ר מגן כרופא בכיר במחלקת רפואה פנימית ב' וביחידה לאלרגיות ואימונולוגיה קלינית במרכז הרפואי ע"ש ברזילי ובקופ"ח לאומית. הוא הקים מספר פרואקטים ארציים לגישה חדשנים בתחום של מניעה ואיזון של לחלות לב וכלי דם בקהילה. הוא מוכר כאחד הרופאים המובילים בתחומו בארץ.
ד"ר מגן משמש גם כמרצה בפקולטה לרפואה באוניברסיטת בן גוריון בנגב. הוא עוסק במספר פרויקטים מדעיים שמטרתם לחקור היבטים אימונולוגיים במחלות לב וכלי דם.
ד"ר מגן הוא גם מהראשונים להציג גישה חדשנית (טיפול בקטריופאג'י) לטיפול בדלקות בקטריאליות עמידות לאנטיביוטיקה ולסיוע למטופלים רגישים לאנטיביוטיקה עקב אלרגיה חמורה.
ד"ר מגן הוא מחברם של 19 מאמרים שפורסמו בירחונים רפואיים ומדעיים בינלאומיים